该技术的染色体体拷贝数分析通过两种方式技术：

　　一种是将每个snp位点的等位代孕产子SNP基因与亲本对比，显示哪条亲本然而涕被遗传至胚胎，若遗传了条独立的三条独立的表示三体，而所有位点的纯合性表示该染色体单体或单亲二体，由此可以提供胚胎的DNA指纹信息，追踪移植胚胎的去向。

　　另一种的计算方法是对比待检与对照标本的杂交一个密度，待检标本的杂交信号性对较强则为三体，相对较弱则为单体。

　　SNP-Array技术的应用优势在于检测片段重复缺失或非整倍体同时还可检测单倍体以及多倍体异常，还可以提供胚胎代孕产子指纹鉴定，亲缘性分析以及单亲二体的检测相关数据。

　　进展：Array CGH的前身是中期染色体比较基因组杂交，自2001年起，有学者将其应用于植入前遗传学筛查，成功分娩了健康女婴。mCGH原理即为不同一个素分别标记的待检DNA与参照DNA竞争咋交于正常男性中期染色体上，软件照相分析染色体颜色，黄色为正常，偏红色或者偏绿色提示重复或缺失。

　　该法的缺陷在于劳动强度大、手工操作繁琐，分析结果收到杂交效率的影响，也存在人为分析代孕产子误差。随着技术进步，mCGH发展为细菌人工染色体为杂交截体，提升了分辨率，再到目前国际广泛应用的 Array CGH，杂交载体变为真理探针，分辨率可达到5mb左右。